La construcción, llamada originalmente Convento e Iglesia de Nuestra Señora del Pilar de Zaragoza, fue aprobada por Felipe V en 1725 justo a la llegada de la Orden de Clarisas Capuchinas a la población. La obra fue iniciada en 1731 y consagrada el año de 1736 bajo la supervisión de Diego de Porres; de hecho, fue el último convento fundado de la urbe y el primero que abandonó el hábito de exigir dote para las nuevas internas, circunstancia que había impedido a jóvenes de escasos recursos acoger la vida religiosa.