El Convento de Santa Clara en sus inicios comenzó solamente con cinco religiosas y una novicia, número que con el tiempo fue aumentando. Las religiosas de la Orden de las Clarisas habitaron en el convento desde el 14 de enero de 1700 —fecha de su fundación oficial—. Según la descripción de diversos cronistas, el convento tenía un techado de teja el cual se desplomó luego del terremoto de 1717. Los daños fueron tan graves que las religiosas tuvieron que abandonar el complejo mientras se realizaban las reparaciones.