Fue el 28 de enero de 1548 cuando fray Juan de la Barrera, a la sazón presidente de la Casa y Monasterio de Nuestra Señora de las Mercedes, pidió al Ayuntamiento asistencia económica y una ampliación del terreno del cual disponía su Orden desde 1541. Gracias al apoyo institucional, su viejo templo fue sustituido por una segunda iglesia, mejorada en 1583. Si bien la Real Audiencia accedió a que la casa conventual pudiera ampliarse en el costado que daba al norte, buena parte de estos esfuerzos quedaron malogrados en 1717, por culpa de un furioso seísmo. Un nuevo edificio, enormemente bello, se inauguró el 10 de octubre de 1767