Fue el papa Inocencio XI quien la instituyó canónicamente mediante la bula del 25 de mayo de 1683. A partir de 1689, la ermita se convirtió en Congregación de San Felipe Neri, lo cual fue confirmado por Clemente XI en 1704. Interrumpiendo una importante labor misional, los terremotos de 1717 resquebrajaron el templo y la casa conventual.