La promulgación en 1542 de las Leyes Nuevas, mediante las cuales eran suprimidas por la Corona las encomiendas y la esclavitud de los indígenas. Con todo, aclara Lucena que esta decisión de Carlos V repercutió más en Nicaragua que en Guatemala, convertida el 13 de septiembre de 1543 en la Audiencia de los Confines y Nicaragua. Lo cierto es que, inicialmente, dicha institución tuvo su sede en Gracias a Dios, pero la autoridad real dictó cédulas en 1548 y 1549 para que se trasladase a Santiago de Guatemala, en cuya Plaza Central se edificó un palacio con este fin.