Fue el 28 de enero de 1548 cuando fray Juan de la Barrera, a la sazón presidente de la Casa y Monasterio de Nuestra Señora de las Mercedes, pidió al Ayuntamiento asistencia económica y una ampliación del terreno del cual disponía su Orden desde 1541. Gracias al apoyo institucional, su viejo templo fue sustituido por una segunda iglesia, mejorada en 1583. Conviene saber que también resultó herido por los temblores de 1773. Así lo dejó por escrito Juan González Bustillo, quien advirtió la ruina en la mayor parte las celdas y efectos menores en la iglesia, así como la caída de un pedazo pequeño del campanario. Por fortuna, el corregidor José María Palomo y Montúfar animó las tareas de restauración en 1853. Tareas que, por fuerza de las circunstancias, debieron iniciarse de nuevo tras los seísmos de 1976.