La ermita franciscana de la Vera Cruz acogió en 1664 un proyecto del padre Bernardino de Obregón y Obando, quien fundó en dicho espacio la iglesia habitualmente llamada Escuela de Cristo. Fue el papa Inocencio XI quien la instituyó canónicamente mediante la bula del 25 de mayo de 1683. A partir de 1689, la ermita se convirtió en Congregación de San Felipe Neri, lo cual fue confirmado por Clemente XI en 1704. Interrumpiendo una importante labor misional, los terremotos de 1717 resquebrajaron el templo y la casa conventual. No obstante, ambos quedaron reedificados en 1730.