En primer término, una benefactora con los medios económicos precisos, doña María Ventura de Arrivillaga y Coronado, decidió patrocinar este proyecto de las monjas clarisas. Más adelante, un grupo de hermanas, las encargadas de fundar el convento, partieron el 19 de octubre de 1699 desde Puebla de los Ángeles para iniciar su misión en nuestra capital. Las instalaciones, inauguradas solemnemente el 14 de enero de 1700, pronto fueron objeto de una ampliación, gracias en buena medida a la suma donada por el obispo fray Juan Bautista Álvarez de Toledo. Con los pesos que entregó tan ilustre donante, pudo abrirse al culto la iglesia de Santa Clara, concluida en 1715. Tampoco faltan reveses a este proyecto, empezando por el terremoto que en 1717 desarticuló la estructura del templo. Para satisfacción de autoridades y feligreses, una nueva iglesia, con diseño de Diego de Porres, fue estrenada el 11 de agosto de 1734 .