En 1543, el conjunto de los ingresos de las encomiendas de Pedro de Alvarado y de su esposa, fallecidos dos años atrás, hallaron un destino de utilidad en la construcción del templo. Aunque hubo más de un resquebrajamiento por culpa del terremoto de 1583, los daños pudieron arreglarse en 1616. Bastante después, en 1669, las autoridades demolieron esa catedral y asignaron nuevos fondos para que el capitán Martín de Andújar acometiese las obras de una nueva. Como si el destino quisiera impedir la buena marcha de la edificación, el trazado demostró su ineficacia sobre la marcha y fue necesario iniciar de nuevo los trabajos, esta vez bajo las órdenes de un arquitecto de confianza, José de Porres.