Desde una perspectiva histórica, relatan los cronistas Pardo, Zamora y Luján que la ermita franciscana de la Vera Cruz acogió en 1664 un proyecto del padre Bernardino de Obregón y Obando, quien fundó en dicho espacio la iglesia habitualmente llamada Escuela de Cristo. Fue el papa Inocencio XI quien la instituyó canónicamente mediante la bula del 25 de mayo de 1683.