El 6 de junio de 1680 Su Majestad dispuso una nueva cédula en la cual don Francisco de Sarassa y Arce, a la sazón Oidor y Alcalde de Corte en la Real Audiencia, era encargado de redactar los estatutos universitarios. El 5 de enero de 1681 comenzaron los alumnos sus labores estudiantiles, y el 18 de junio de 1687, el papa Inocencio VI confirmó la fundación de la Universidad y también las facultades de ésta. Tras el terremoto de 1751, los daños sufridos por la construcción recomendaron un traslado institucional. A las órdenes del ingeniero don Luis Díez de Navarro, se llevaron a cabo las obras del nuevo centro, que fue completado el 4 de junio de 1763. A causa de los nuevos destrozos originados por los terremotos de 1773, las autoridades dispusieron su traslado a la nueva capital en 1777.